Liderada por Pein, depois revela-se que os criadores da organização foram Uchiha Madara e o próprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-ins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuus, criaturas compostas unicamente de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização, e também pelas mortes de Hidan, Kakuzu, Deidara, [[Uchiha Itachi],Kisame Hoshigake e Akasuna no Sasori sendo este último substituído por Tobi, com a morte de Nagato, Konan abandonou a organização.

Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos Bijuus e hospedeiros, os ditos Jinchuurikis. O Bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção astral, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do Bijuu é extraído de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.
O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a jóia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído oficialmente, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.
Atualmente a Equipe Taka (Falcão) se aliou a Akatsuki, para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Porém Suigetsu, Karin, Juugo e Sasuke Uchiha não são oficialmente membros, já que não possuem os anéis.